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补充材料和数据

补充材料提交说明

存款主要数据

补充材料提交说明

需要提交哪些补充材料

支持材料不能包括,也不是必要的,包括在手稿的全文,但将有利于读者。它不应该是理解论文结论所必需的,但应该包含额外或补充的数据,并直接与文章内容相关。鼓励作者利用机会在适当的时候提交补充数据;例如,当材料的数量太大而不能包含在论文的主体中,或者当材料的格式不能在打印中表示(如视频剪辑或动画图形)。请注意,在手稿中描述的用于创建分子模型的原子坐标,除非存放在公开可用的数据库中,否则必须作为补充数据提供。

作为补充数据的所有材料必须与同时审查的主要稿件同时提交。请在提交后清楚地说明旨在作为补充数据的材料。还要确保在文本中的适当点中将补充数据称为主稿中。在纸张被接受出版后,它无法改变或更换。[尚未对等待审核的支持材料不会被公布为补充数据(因此,在目录中不会被指定为“S”),但可以通过链接提供给作者主页的链接可自行决定处理纸张的执行编辑器。“补充”这个词不得用于描述这种材料。请使用诸如“支持材料”或“额外材料”的单词。

补充数据应以最终表格在单独的文件中提交。请注意,不编辑补充数据,因此确保清晰而简洁地呈现,而且术语风格符合本文的其余部分。还要确保演示文稿将在任何互联网浏览器上工作。

注意:补充数据被视为已发布的材料,并由与其所属的已发布文章相同的版权和权限规则。

元数据

虽然我们不限制作者可能包括的补充材料项目的数量或类型,但我们确实要求他们提供相关和有用的文章扩展,并在文章正文中包括图形和表格。这些材料的良好元数据是可发现性和实用性的关键。所有补充材料应包括以下内容:

  • 类型和编号:可以几乎以任何方式命名的补充材料,条件是文件一直命名,并且数字之前由“S”之前并以句点关闭。例子:
    • 图S1。
    • 表S1。
    • 文本S1。
    • 视频S1。
    • 动画S1。
    • 替代语言摘要S1。
  • 图形,表格,视频,动画应提供标题,标题应不超过15个字并以粗体类型设置,使用句式。
  • 补充材料的数字和表格应遵循主文本数字和表格的要求(见图准备表准备).
  • 其他类型的补充材料文件应包括不超过300字的标题,描述图形/视频/动画的关键信息,使读者能够在不参考文本的情况下理解文件。
  • 引用文本

    所有补充数据必须在文本中的适当点处在主稿中提及,就像主要文本数字和表格一样。这提供了读者上下文,并允许无缝互连。文本引用应使用适当的类型和数字名称(例如,视频S1)。发布者可以作为仅在线内容的发布者提供的补充数据,链接到在线稿件。这些数据应包括电子文件,不应仅是另一个网站的链接。

    可接受的格式

    补充数据应优选地保存为单个PDF文件,包括所有文本,数字,表格和传说。如果这是不可能的,则最多可接受10个文件来构成文章的补充数据单元。我们更喜欢补充材料文件不超过10MB。但是,如果该大小限制导致质量损失(例如,通过使尺寸更小或压缩电影以损害图像质量的方式),我们可以接受更大的文件。

    文本文件

    补充文本应以Word (.doc)、HTML (.php)或RTF (. RTF)格式的文本文件提交。应该在文本中适当提及。

    MS Excel(.xls)或CSV格式的电子表格文件。在可能的情况下,将所有表组合成一个Excel工作簿,在单独的清晰标记的工作表上保存单个表(标签)。

    数字

    补充图形应以单独的tif、gif或jpg格式提交,最低分辨率为300ppi,就像主图形一样(请参阅我们的图准备章节中有关图形准备的详细说明)。

    视频和音频剪辑

    对于视频,请尝试提交合理质量的视频和音频剪辑。我们强大地推荐以MP4格式提交的视频以MP3格式提交.Whawwhawwhawwhawwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwwumber,在QUICKTIME播放器v.7.6.2或Windows Media Player v.11中必须打开和播放视频。

    如果作者有视频和/或音频剪辑,他们希望提交他们的文章,强烈鼓励将这些内容包含在文章正文中。这可以用与图形或表格相同的方法来完成,方法是引用多媒体内容,并在正文中指出应该将其放置在何处及其相关的标题。

    帮助

    如果您需要关于提交或编写补充数据的进一步帮助或信息,请info@oatext.com.

存款主要数据

一个固有的出版物原则是他人应该能够在提交人发表的索赔时复制和建立。因此,OA文本期刊中的出版条件是作者需要在没有过度资格的情况下将材料,数据和相关协议迅速提供给读者。对材料或信息的可用性的任何限制必须在提交时向编辑披露。还必须在提交的稿件中披露任何限制,包括读者如何获得材料和信息的详细信息。如果要由营利性公司分发材料,则必须在纸质中说明这一点。

数据集将从发表之日起免费提供给读者,并且必须在提交时提供给编辑和同行审稿人,以便对手稿进行评估。

对于以下类型的数据集,将提交给社区核心的公共存储库是强制性的。必须在论文中提供登录号。下面列出适当的公共存储库的示例。

层序和构造资料的沉积

序列信息,用于在稿件中描述的分子模型的序列信息,并且必须在接受之前以电子形式提交到适当的数据库,以便不迟于期刊上的相应文章的发布日期之前释放。。数据库提供的沉积数和/或访问号码应包含在稿件中,并在在线提交期间输入相关框,或者在收到的情况下向执行编辑传达给执行稿件。在可能没有适当的数据库的情况下,作者必须根据要求提供数据。原子坐标可包含在发布中作为补充材料。在收到沉积号的期刊之前,不会发布稿件。

报告新型核酸序列的论文

核酸序列信息必须存放在三大协同数据库(EMBL/GenBank/DDBJ)之一。对于从公共或私人网站获得的序列,作者有责任确保手稿中使用的任何序列在出版前被保存下来。由于EMBL、GenBank和DDBJ每天都要交换数据,因此只需要向一个数据库提交序列即可。新的序列名称和它们的登录号应该列在材料和方法部分的开头,以帮助读者搜索。为了允许新的数据搜索方法,NAR鼓励作者引用GenBank登录号时,在他们的手稿中引用已建立的序列。

对于Illumina型测序,鼓励作者将原始Illumina数据提交给NCBI的序列读取存档,并在手稿中包含相应的登录号。

用于报告新型大分子结构的论文

描述生物大分子结构的论文作者必须根据编辑的要求提供原子坐标和相关的实验数据(晶体结构的结构因子振幅/强度,或核磁共振结构的约束),以评估稿件,如果它们还不能在公共可用和公认的数据库中自由访问(例如,蛋白质数据库uniprot.核酸数据库或者生物磁共振数据库).电子显微镜导出的密度图和坐标数据必须保存在EMDB.

小分子的晶体数据

报告来自晶体分析的新三维结构的稿件应包括一个.cif文件和具有概率椭圆形的结构图作为辅助信息。还应提交每个结构的结构因素。必须使用IUCR的CheckCif例程检查批量因子和结构输出,并且必须在提交中包含输出的PDF副本,以及报告任何警报的理由。小分子的晶体学数据应提交给剑桥结构数据库,并且在稿件中适当地引用的沉积编号。必须在出版物上提供完全访问权限。

数据库:剑桥晶体数据中心(CCDC)适用于核苷,核苷酸和其他小分子上的数据。

成员现场全球蛋白质数据库RCSB PDB.欧洲的蛋白质数据库(PDBE)日本蛋白质数据库(PDBj), 或者BMRB适用于通过X射线晶体学确定的蛋白质的数据和通过NMR方法测定的所有大分子的蛋白质沉积。

核酸数据库(NDB)适用于核酸晶体结构的原子坐标和结构因子数据。这通常可以由上述全球蛋白质数据库或RCSB蛋白质数据库处理。

NMR论文:应如何相对于DSS报告共振分配而不是HOD。

用于报道新蛋白序列的论文

必须提交通过直接测序蛋白质确定的蛋白质序列uniprot.(即TREMBL,SWISS-PROT和PIR)使用交互式提交工具旋转。请注意,它们不会提前提供登录号,用于核酸序列翻译结果的蛋白质序列。这些翻译将从核苷酸序列数据库(embl / gebank / ddbj)自动转发,并在结合到Uniprot上分配了Uniprot登录号。表征实验的结果也应提交给uniprot.:对于新序列,这些序列应包括在序列提交中。还应更新现有的UNIPROT条目。这可以包括诸如功能,亚细胞位置,亚基等的信息。

报告新芯片SEQ数据的论文

新的ChIP-Seq数据必须保存在GEO中,并在接受发表时或之前提供登录号。

微阵列数据

所有作者都必须遵守“关于微阵列实验的最小信息”(MIAME)由微阵列基因表达数据学会发布的指南。NAR还要求向GEO或ArrayExpress数据库提交微阵列数据,并在接受发表时或之前提供登录号。

定量聚合酶链反应

鼓励作者跟随“公布定量实时PCR实验的最小信息”(MIQE)指导方针,如果合适的话。该指南由实时PCR数据标记语言联盟发布,可以在http://www.rdml.org/miqe.php.

其他数据集

除了上述数​​据提交给社区批准的公共数据库的强制性要求外,自然期刊强烈建议将其他类型的数据集归入到较早阶段的开发阶段的适当公共存储库中。促进共享大数据集的这些存储库的示例,其中一些可以提供出版物前的匿名裁判访问数据的选项,包括: